Il primo insediamento è documentato nel 780, risulta che il castello su questa collina dava la possibilità di monitorare una vasta area che comprendeva buona parte della pianura del fiume Arno e del territorio circostante. Il castello della Verruca nella forma attuale fu edificato nel XII secolo e fu possedimento pisano per molto tempo, costituendo un'autentica roccaforte inespugnabile fino al 1402 quando Pisa fu conquistata dai fiorentini . Questo luogo era il centro di un complesso sistema di difesa sparso sul territorio circostante costituito da altre rocche e torri che comunicavano a vista tra loro con lenzuola, funi, stendardi e fiocchi interlocuendo con un codice segreto che solo in pochi conoscevano.
Tali segnali venivano trasmessi da questa Rocca alla Torre dello Spuntone, al castello di Asciano, al castello di Agnano e al castello di San Giuliano.
I fiorentini distrussero la Rocca dopo che dovettero riconquistarla nel 1503 in seguito ad un’insurrezione di Pisa che coinvolse ancora il castello , ma essa non fu abbandonato, ma ristrutturato sei anni più tardi nel 1509 da Antonio da Sangallo e da Luca del Caprina, anche se ormai aveva perso la sua importanza che lo vedeva come baluardo nella perenne guerra di Pisa contro Firenze.
Ad oggi la Rocca è purtroppo in stato di abbandono perchè circondata e ricoperta dalla vegetazione che ne mina giorno dopo giorno l'antica solidità.